مرکز ماهر در سامانه رسمی خود دارای مشکلاتی همچون بررسی نکردن کد کپچا و شناخت گوگل به عنوان بدافزار است.
آزمایشگاه تحلیل بدافزار سعی دارد تا با بررسی فضای مجازی، بدافزارها و کلاهبرداریهای فضای مجازی را شناسایی کرده و اقدام به ارائه گزارش فنی درباره موارد مشاهده شده نماید.